phpのソースコードから不要なコメント・スペース・改行を削除するには下記のコマンドが有効です（シェルのコマンドラインやターミナルから実行）
php -w mysource.php > mysource_min.php
これだけです。簡単。
改行も削除されてプチ難読化されたコードになります。
これでは読みづらい、という場合は php_beautifier を使って読みやすいコードに変換します。
http://pear.php.net/package/PHP_Beautifier/download
php_beautifier -t mysource_min.php > mysource_beautifier.php # -t オプションを指定して タブによるインデントを加えています（デフォルトはスペース4つ）
php_beautifierコマンドがうまく動かない場合は
直接ダウンロードして
http://pear.php.net/package/PHP_Beautifier/download
解凍して出来たフォルダの「scripts」フォルダ内の「php_beautifier」を動かせば動作します
php php_beautifier 【整形したいphpソース】 >【出力ファイル名】
下記 php_packer.php をダウンロードして
php_packer.php -i ファイル名（またはディレクトリ名）
でディレクトリごと一括で処理できます。